Główną funkcją systemu zarządzania hydrotermalnego jest utrzymanie równowagi cieplnej systemu ogniw paliwowych, odzyskiwanie nadmiaru ciepła i ogrzewanie pomocnicze po uruchomieniu systemu ogniw paliwowych, aby zapewnić, że wnętrze stosu ogniw paliwowych może szybko osiągnąć odpowiedni zakres temperatur oraz zapewnienie, aby katoda znajdowała się w najlepszym obszarze roboczym po obu stronach anody.
System zarządzania ciepłem wodnym składa się głównie z elektronicznego termostatu, elektronicznej pompy wodnej, chłodnicy, dejonizatora i zbiornika wyrównawczego.
Funkcją termostatu elektronicznego jest regulacja przepływu wody w dużym i małym obiegu w układzie chłodzenia poprzez regulację otwarcia, aby uzyskać precyzyjną kontrolę temperatury.